Структура оплати праці на Підприємстві включає в себе основну заробітну плату, додаткову заробітну плату та інші заохочувальні та компенсаційні виплати. Генеральному директору винагорода за виконану роботу (основна заробітна плата) встановлюється у вигляді посадового окладу згідно із штатним розписом та контрактом керівника та преміальних, інших заохочувальних та компенсаційних виплат, які залежать від фінансової діяльності Підприємства. Всі виплати генеральному директору здійснюються на підставі наказів Міністерства юстиції України.
Оплата праці заступників керівника здійснюється на підставі штатного розпису Підприємства, затвердженого Міністерством юстиції України та Колективного договору між Адміністрацією державного підприємства «Національні інформаційні системи» і Професійною спілкою працівників галузі інформаційного забезпечення на 2021-2023 роки. (протокол №4 від 23.12.2020р.), а саме:
-оплата праці і матеріальне заохочення працівників Підприємства здійснюються відповідно до посадових окладів, що визначаються на підставі Закону України «Про оплату праці», Статуту Підприємства, інших нормативно-правових актів чинного законодавства України, з урахуванням фінансових можливостей Підприємства;
-індексація грошових доходів працівників Підприємства проводиться відповідно до Порядку проведення індексації грошових доходів населення, затвердженого постановою Кабінету Міністрів України від 17.07.2003 № 1078 (зі змінами та доповненнями);
-преміювання працівників Підприємства здійснюється відповідно до Положення про заохочення та заохочувальні виплати працівникам державного підприємства «Національні інформаційні системи». Розмір преміювання працівників залежить від фінансових можливостей Підприємства, в межах фонду оплати праці, передбаченого фінансовим планом і може збільшуватись, зменшуватись або виплата премій може тимчасово припинятися;
-генеральний директор Підприємства має право встановлювати до посадових окладів працівників надбавки та доплати згідно з чинним законодавством України, за наявності фінансової можливості Підприємства;
-надбавки встановлюються з урахуванням особистого вкладу кожного працівника в результати роботи Підприємства та на підставі пропозицій, наданих відповідною комісією, до повноважень якої належить попередній розгляд подання керівників структурних підрозділів та директорів філій щодо застосування до працівників Підприємства заохочувальних виплат;
-у разі несвоєчасного виконання завдань, погіршення якості роботи і порушення трудової дисципліни, надбавки працівнику зменшуються або скасовуються повністю;
-працівникам Підприємства встановлюється винагорода за вислугу років, відповідно до Положення про заохочення та заохочувальні виплати працівникам державного підприємства «Національні інформаційні системи». Винагорода за вислугу років виплачується щомісячно працівникам Підприємства залежно від загального стажу роботи на Підприємстві, у тому числі з врахуванням загального стажу роботи на державних підприємствах, які виконують (виконували) функції адміністратора Єдиних та Державних реєстрів, держателем яких визначено Міністерство юстиції України, або на державних підприємствах, створених Міністерством юстиції України, що створювали та забезпечували автоматизовані комп’ютерні системи на час виконання цих функцій;
-за наявності фінансових можливостей у Підприємства працівникам, які проходять військову службу за призовом на особливий період, надається матеріальна допомога у відповідному розмірі за наявності відповідних підстав;
-за наявності фінансових можливостей у Підприємства працівникам може надаватися матеріальна допомога за наявності підстав:при виході на пенсію за віком, у випадку важкої та тривалої хвороби, у випадку смерті близьких родичів, за сімейними обставинами, на оздоровлення до відпустки, призначення пенсії по інвалідності, у зв’язку із скрутним матеріальним становищем, у разі звільнення за угодою сторін;
-при вирішенні інших питань організації оплати праці Адміністрація керується положеннями Кодексу законів про працю України, Закону України «Про оплату праці», іншими нормативно-правовими актами чинного законодавства України, Статутом Підприємства.